Засыпали правильно сделали. Единственный способ сохранить этот уникальный культурный слой, это его законсервировать, а значит засыпать. Придёт время, когда у города появятся возможности для дорогостоящих работ, по раскопкам этих подвалов, тогда и раскопаем по новой.